Les dispositions relatives à la citoyenneté prévues dans les autres traités ne sont pas modifiées par le Traité de Lisbonne, elles restent indissociables de l’article 6 du TFUE relatif à la Charte des droits fondamentaux. Cette Charte avait, jusque là, un rôle symbolique puisque son respect dépendait de la volonté politique des Etats membres. Le Traité lui confère maintenant une valeur juridique contraignante dans 24 Etats (la Grande-Bretagne, la Pologne et la République Tchèque – profitant de sa position de dernière signataire du Traité - ont obtenu des dérogations). Ainsi, en cas de non-respect de la Charte, les citoyens européens disposeront d'un droit de recours légal au niveau européen, par exemple, dans le cadre de l’article 11 relatif à la liberté d’expression et d’information ou de l’article 28 relatif au droit de négociation et d’actions collectives. 

De plus, le Traité prévoit l’adhésion de l’UE à la Convention européenne de sauvegarde des droits de l’homme. Les Etats Membres y avaient déjà adhéré individuellement, les obligeant à respecter la Convention. Les institutions européennes (et leurs fonctionnaires) devront respecter les articles de la Convention, comme, par exemple, l’article 13 qui garantit un recours effectif à toute personne ayant subi une violation des droits de la Convention par une personne en fonction officielle. La Convention assure aussi le droit à un procès équitable pour tout ressortissant européen dans un Etat Membre de l’UE. 

Mesure phare du Traité de Lisbonne,  l’initiative citoyenne permettra  à 1 million de ressortissants de plusieurs Etats membres différents d’inviter la Commission à soumettre une proposition d’acte juridique sur un sujet particulier sans obligation pour la Commission de la suivre.

Grâce à ce traité, les citoyens européens présents dans un pays autre que celui dont ils sont ressortissants pourront profiter de la protection consulaireet diplomatique de n’importe quel Etat membre de l’Union à condition que leur pays ne possède pas d’ambassade ou de consulat dans le pays en question et qu’ils puissent prouver leur nationalité. 

Le Parlement européen, seule institution dont les membres sont élus depuis 1979 au suffrage universel, deviendra, avec le Conseil de l’Union européenne, codétenteur des fonctions législatives et budgétaires dans plusieurs matières. D’une part, ses pouvoirs législatifs sont étendus au contrôle des personnes aux frontières, aux dispositions régissant l’accueil et le traitement des demandeurs d’asile, ainsi qu’à la lutte contre l’immigration clandestine, à l’immigration légale, la coopération judiciaire pénale, la coopération policière, ou encore certaines dispositions relevant de la politique commerciale ou de la politique agricole commune. D’autre part, ses pouvoirs budgétaires sont étendus, le Traité prévoit que les dépenses soient décidées de concert entre le Parlement et le Conseil. De plus, lors de la sélection du Président de la Commission, le Conseil européen proposera maintenant un candidat en tenant compte des élections parlementaires européennes et donc du choix politique de la majorité des électeurs européens. 

Autre aspect non-négligeable en termes de transparence, dans le cadre du droit d’accès à l’information, les citoyens et parlements nationaux auront accès aux décisions de leur gouvernement lorsque le Conseil des Ministres siègera et votera en public sur un projet d’acte législatif. 

Le Traité de Lisbonne contribue à renforcer le caractère représentatif du système institutionnel communautaire et, avec l’initiative citoyenne, introduit des éléments de démocratie directe.